Był także jednym z inicjatorów utworzenia Euroregionu Karpackiego.
Odbył staż kandydacki w Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, ale na skutek rezygnacji nie został pełnoprawnym członkiem partii. W 1990 rozpoczął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Był m.in. dyrektorem Departamentu Planowania i Analiz (1992–1994), ministrem pełnomocnym w Stałym Przedstawicielstwie RP przy Biurze NZ w Genewie (1994–1998), pracownikiem (1998–2002) i dyrektorem (2000–2002) Departamentu Strategii i Planowania Polityki Zagranicznej (odszedł z powodu rozbieżności stanowisk między nim i kierownictwem MSZ odnośnie do wojny w Iraku). W latach 2003–2005 pełnił funkcję dyrektora Akademii Dyplomatycznej MSZ.
1 czerwca 2005 został dyrektorem Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych. Podawał wówczas w wątpliwość zasadność przystępowania Polski do amerykańskiego programu tzw. tarczy antyrakietowej, według informacji „Życia Warszawy” instytut przygotował ekspertyzę krytycznie oceniającą ten projekt. 8 lutego 2007 Roman Kuźniar został odwołany z zajmowanego stanowiska, co motywowano „nową koncepcją funkcjonowania PISM”.