Był dziesięciokrotnie nominowany do Pokojowej Nagrody Nobla – w 1950, 1951, 1955, 1956, 1958 i 1959 r. W 1950 został odznaczony kubańskim Krzyżem Wielkim , a w 1955 Krzyżem Zasługi na Wstędze Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec.
Po sukcesie, jakim było dla Lemkina uchwalenie konwencji o zbrodni ludobójstwa, znalazł się w trudnej sytuacji życiowej. Po ukończeniu kontraktu jako visiting professor na Uniwersytecie Yale w 1951 roku nie udało mu się otrzymać stałej posady uniwersyteckiej. Przez większą część lat 50., pomimo znacznych starań, pozostawał bez stałej pracy i popadł w nędzę. Zmarł na atak serca w 1959 roku. W jego pogrzebie na cmentarzu żydowskim Mount Hebron w Nowym Jorku uczestniczyło siedem osób.
Obecnie jego imię nosi Warszawska Wyższa Szkoła Nauk Społecznych w WarszawieWarszawska Wyższa Szkoła Nauk Społecznych im. Rafała Lemkina w bazie radon.nauka.gov.pl.Oficjalna strona Uczelni..
Działalność naukowa Od 1927, czyli od pierwszej konferencji (w Warszawie), dzięki E. Rappaportowi i W. Makowskiemu, współpracował z Międzynarodowym Biurem Unifikacji Prawa Karnego. Uczestniczył w polskich delegacjach na Konferencje dla unifikacji prawa karnego w Paryżu w 1931 i Kopenhadze w 1935.