Od XIII do XVIII wieku sąsiadujący z biskupim grunt nad rzeką Prądnik posiadali krakowscy duchacy; znaczny obszar wokół Prądnika Małego należał natomiast do krakowskiej kapituły katedralnej. Duchacy, przeniesieni do Krakowa w 1244 r., zatrzymali jednak znaczne grunty w Prądniku Białym, zwane odtąd Prądnikiem Duchackim (w XV wieku z nadania biskupiego posiadali tu 3 młyny, z których jeden od 1496 r. służył jako papiernia, w I połowie XVI w. dzierżawiona przez drukarza Jana Hallera).

W latach 70. XV w. sąsiednią należącą do klasztoru w Tyńcu wieś zwano już Magna Prandnik, co sto lat później zapisano po raz pierwszy po polsku jako Prądnik Wielki. Sławna była tutejsza biała mąka i chleb, zwany prądnickim. Z 1421 r. datuje się zapis, zobowiązujący posiadaczy gruntów w Prądniku Białym do wypieku chleba na stół biskupi. Na terenie biskupiego folwarku w Prądniku, położonego przy trakcie wielkopolskim, w 1547 r. bp Samuel Maciejowski wybudował renesansowy pałac z ogrodem stanowiący letnią rezydencję biskupów krakowskich, gdzie gościli m.in. Jan Kochanowski, Szymon Szymonowic i Łukasz Górnicki. To tutaj właśnie toczą się erudycyjne rozmowy bohaterów dzieła Górnickiego „Dworzanin polski”, poświęcone dworskim obyczajom i humanistycznemu wychowaniu.