Jako dyplomata zasłynął także poselstwem do Rzymu w 1591 roku, zaś w drodze powrotnej reprezentował Stolicę Apostolską jako legat Klemensa VIII na ślubie Zygmunta III z Anną styryjską. Jako kardynał wziął udział dwukrotnie w konklawe (1591 wybór Innocentego IX i rok później Klemensa VIII). Miał tytuł kardynał prezbiter kościoła San Sisto Vecchio.
9 sierpnia 1591 otrzymał przeniesienie na stolicę biskupią do Krakowa, gdzie Zygmunt III Waza mianował go biskupem krakowskimJego następcą w Wilnie miał zostać biskup łucki Bernard Maciejowski, co spowodowało wieloletni spór. III Statut Litewski w artykule 12 rozdziału 3 Około niedawania cudzoziemcom dostojeństw i urzędów wszelakich dozwalał na powierzanie wszystkich stanowisk w Wielkim Księstwie Litewskim, w tym duchownych, tylko Litwie, Rusi, Żmudzi, i rodzicom starodawnym i urodzeńcom Wielkiego Księstwa Litewskiego i innych ziem, temu Wielkiemu Księstwu należących. Ostatecznie w 1600 r. biskupem wileńskim został dotychczasowy administrator diecezji Benedykt Woyna (Polska i Litwa w dziejowym stosunku: praca zbiorowa Kraków 1914, s. 204–228).. W kościele krakowskim wprowadzał reformy Soboru Trydenckiego, w 1592 zwołał synod diecezjalny. Najbardziej zasłynął, zakrojoną na szeroką skalę, akcją wizytacyjną na terenie diecezji krakowskiej. Uczestniczył w przygotowaniu unii brzeskiej.