Przez Kuty we wrześniu 1939 r. ewakuowali się do Rumunii żołnierze Wojska Polskiego oraz wysocy urzędnicy RP, w tym prezydent Ignacy Mościcki i wódz naczelny Edward Rydz-Śmigłyhttps://sztetl.org.pl/pl/miejscowosci/k/882-kuty/96-historia-miejscowosci/68962-historia-miejscowosci..
Od września 1939 do czerwca 1941 r. Kuty znajdowały się pod okupacją sowiecką, a potem do 1944 r. pod niemiecką.
Żydzi podczas okupacji niemieckiej zostali eksterminowani. Według sowieckich danych zabito 2239–2350 mieszkańców Kut narodowości żydowskiejХолокост на территории СССР: Энциклопедия, Moskwa 2009, , s. 501..
Po II wojnie światowej Polacy (w tym Ormianie) zostali wysiedleni, miasteczko mimo napływu nowej ludności liczy mniej mieszkańców. W 1956 r. w Kutach zmarł ostatni polski proboszcz ormiańskokatolicki Samuel Manugiewicz, który do wybuchu wojny piastował również funkcje burmistrza miasta i senatora II RP.
Kościół rzymskokatolicki, bardzo zniszczony, został zwrócony wiernym w r. 1990 i zabezpieczony dzięki funduszom zebranym przez warszawską TVKwartalnik Cracovia-Leopolis.. Z kolei kościół ormiański został przekształcony w cerkiew prawosławną.
W 1989 liczyło 4698 mieszkańcówВсесоюзная перепись населения 1989 г.