Od 2002 członek Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich. W październiku 2011 został wybrany na prezesa tej organizacji. Pełniąc tę funkcję, we wrześniu i październiku 2012 poprowadził dwie partyjne konferencje Prawa i Sprawiedliwości, co spotkało się z krytyką m.in. kilkudziesięciu członków SDP, którzy wezwali go do ustąpienia z funkcji. W czerwcu 2013 „Gazeta Wyborcza” podała, że założona przez niego stacja radiowa Radio Wnet otrzymała 140 tysięcy złotych od Prawa i Sprawiedliwości. Odnosząc się do tej sytuacji, Krzysztof Skowroński wydał wówczas zamieszczone na stronie SDP oświadczenie, w którym stwierdził, że radio jest instytucją komercyjną i może współpracować z tymi, którzy podzielają wartości tej rozgłośni. Część środowiska dziennikarskiego (m.in. Stefan Bratkowski, honorowy prezes SDP, i Magdalena Bajer, w latach 1996–2011 przewodnicząca Rady Etyki Mediów) zarzuciła Krzysztofowi Skowrońskiemu upolitycznienie SDP. W 2014, 2017 i 2021 wybierany na prezesa SDP na kolejne kadencje. W 2024 nie ubiegał się o ponowny wybór, na stanowisku zastąpiła go Jolanta Hajdasz będąca wówczas jedynym kandydatem. Został członkiem rady programowej Fundacji im.