Zbigniew został oddany na nauki do szkoły katedralnej w Krakowie w 1086, gdzie kształcił się pod kuratelą księżnej wdowy DobroniegiOddanie Zbigniewa do szkoły katedralnej miało doprowadzić do odsunięcia jego od przyszłej władzy. Wpływ na to już miała księżna Judyta czeska, matka Bolesława. . Wiadomo, że pierwszym nauczycielem Zbigniewa był Otton, późniejszy biskup Bambergu. Prócz nauk religijnych nauczano go tam dialektyki, gramatyki i wiedzy o świecie, na podstawie m.in. dzieł Izydora z Sewilli. W tym czasie pierworodny Hermana jeszcze nie przyjął drogi kapłańskiej ze względu na swój zbyt młody wiek Encyklopedia Historia podaje informację, że Zbigniew otrzymał święcenia kapłańskie po ukończeniu nauki w Krakowie. .
W 1087 ojciec Zbigniewa, po przedwczesnej śmierci Judyty czeskiej, wszedł w związek małżeński z Judytą MariąO. Balzer datował zaślubiny na rok 1088. . Stosunek Judyty do pierworodnego syna męża był chłodny. To dzięki jej zabiegom w 1089 Władysław odesłał Zbigniewa do Saksonii. Tenże został umieszczony w żeńskim klasztorze w Kwedlinburgu, gdzie przeoryszą była siostra Judyty – Adelajda. Prawdopodobnie otrzymał tam święcenia kapłańskieWedług niektórych mediewistów istnieje pogląd, że Zbigniew został w tym klasztorze uwięziony. Za tą hipotezą sugeruje się, że syn Hermana nie przyjął święceń kapłańskich. .