W skład ministerstwa wchodziły: Federalna Agencja Bezpieczeństwa (AFB, Агентство федеральной безопасности) oraz Służba Wywiadu Zagranicznego (SWR, Служба Внешней Разведки Российской федераци).
Tym samym KGB rozparcelowano na kilka części, co miało być karą za poparcie radzieckich służb dla puczu Janajewa.
21 grudnia 1993 rozwiązano resort, a Federalną Agencję Bezpieczeństwa przemianowano na samodzielną Federalną Służbę Kontrwywiadowczą (FSK, Федеральная Служба Контрразведки). Na czele służby stanął Nikołaj Gołuszko. Do jej zadań należało: ujawnianie i likwidowanie przypadków gromadzenia informacji przez zagraniczne służby, zwalczanie prób naruszenia porządku konstytucyjnego, suwerenności i integracji Federacji Rosyjskiej.
3 kwietnia 1995 ustawa o organach Federalnej Służby Bezpieczeństwa w Federacji Rosyjskiej przekształciła FSK w Federalną Służbę Bezpieczeństwa (FSB), czyniąc z niej instytucję znacznie potężniejszą.