Na nowego szefa FSB prezydent Borys Jelcyn powołał generała-pułkownika Michaiła Iwanowicza Barsukowa.
W 1996 FSB uruchomiła system wywiadu telekomunikacyjnego SORM (unowocześniany potem kolejno w 1998 i 2015).
FSB dysponuje niemal nieograniczonym prawem podsłuchiwania obywateli, a od lipca 2010 prawem do wezwania każdego Rosjanina na tzw. „pogadankę”, będącą ostatnim ostrzeżeniem przed postawieniem zarzutu o nielegalną działalność polityczną. Wielu komentatorów zauważyło w tym rozwiązaniu analogię do sytuacji po 25 grudnia 1972, kiedy to Prezydium Rady Najwyższej ZSRR wydało Dekret „O zastosowaniu przez organy bezpieczeństwa państwowego ostrzeżenia w charakterze środka zapobiegawczego”. Ostrzeżenia udzielano osobom, które dopuściły się „działań antyspołecznych, sprzecznych z interesem bezpieczeństwa państwowego ZSRR, jeśli nie skutkowały odpowiedzialnością karną”.
FSB odegrała znaczącą rolę podczas wojen z Czeczenią. Wśród jej innych zadań warto wymienić: zwalczanie przestępczości zorganizowanej, terroryzmu, przemytu narkotyków oraz korupcji.