Natomiast w latach 2004–2005 w Królewcu oficerowie FSB działali w gangu zajmującym się porwaniami i wymuszeniami. W śledztwie jeden z agentów należących do gangu zeznał, że zastrzelił znanego królewieckiego biznesmena na zlecenie szefa wydziału antyterrorystycznego królewieckiej FSB. Co zdumiewające, pomimo tych zeznań ani FSB, ani prokuratura nie przeprowadziła w sprawie żadnego śledztwa. W przypadku innych zleconych morderstw dziennikarzy chodziło o ochronę zagrożonych interesów finansowych FSB.
W 2006 FSB ogłosiła, że zdemaskowała 4 dyplomatów z Wielkiej Brytanii, którzy prowadzili działalność szpiegowską w stolicy Rosji, posługując się urządzeniami elektronicznymi, ukrytymi w sztucznym kamieniu, podrzuconym w jednym z parków. Kilka lat później Jonathan Powell, w 2006 współpracownik premiera Tony’ego Blaira, przyznał, że zarzuty strony rosyjskiej były oparte na faktach.
W 2007 doszło do wojny domowej tajnych służb. Koalicja mniejszych agencji, na czele z antynarkotykową, podniosła bunt przeciwko dominacji FSB. Obie strony nie przebierały w tzw. kompromatach, czyli kompromitujących informacjach.