Pasożyty Do pasożytów zewnętrznych borowca wielkiego należą spośród owadów pluskwiaki Cimex dissimilis i Cimex pipistrelli oraz pchły Ceratophyllus gallinae, Ischnopsyllus hexactenus, I. elongatus, I. intermedius, I. variabislis i Nycteridopsylla eusarca. Roztocze reprezentowane są przez obrzeżka nietoperzowca z rodziny obrzeżkowatych, Macronyssus flavus, Steatonyssus noctulus, S. periblepharus, S. occidentalis evansi i S. spinosus z rodziny Macronyssidae, Spinturnix acuminatus z rodziny Spinturnicidae, Acanthophthirius noctulius z rodziny Myobiidae, Chiroptella muscae z rodziny lądzieniowatych, Nycteriglyphus tuerkorum z rodziny Rosensteiniidae, Notoedres chiropteralis z rodziny Sarcoptidae, Psorergatoides nyctali z rodziny Psorergatidae oraz Demodex pusillus z rodziny nużeńcowatych. Ten ostatni jest przykładem gatunku monoksenicznego.
Do pasożytów wewnętrznych tego nietoperza należą m.in. przywry Lecithodendrium spathulatum, Plagiorchis vespertilionis i Prosthodendrium chilostomum, tasiemiec Vampirolepis skrjabinariana oraz nicienie Molinostrongylus skrjabini i Physaloptera myotis. W jego krwi wykryto pasożytnicze pierwotniaki Babesia vesperuginis, Trypanosoma dionisii i T.