W tym momencie Shannon zostaje śmiertelnie postrzelona przez Ana-Lucię, która myślała, że Shannon była jedną z "Innych".
W trzecim sezonie pojawia się w odcinku Exposé, w retrospekcji Nikki, kiedy przed startem samolotu kłóci się z Boonem. Nikki pyta wtedy Paula, czy obiecuje jej, że nigdy tak nie skończą. Potem Shannon jest pokazana zaraz po katastrofie samolotu, gdzie zszokowana histerycznie krzyczy, a jeszcze później, kiedy z doktorem Arztem wypytuje Kate, gdzie znalazła broń.
Rutherford, Shannon