Sezon zakończyła na piątym miejscu, w klasyfikacji slalomu była druga, a w gigancie trzecia.
Schneider zdominowała sezon 1988/1989, wygrywając 14 z 29 zawodów Pucharu Świata. Wygrała ty wszystkie slalomy: 16 grudnia w Altenmarkt, 20 grudnia w Courmayeur, 3 stycznia w Mariborze, 8 stycznia w Mellau, 15 stycznia w Grindelwald, 3 marca w Furano i 10 marca w Shiga Kōgen. Wygrała także sześć z siedmiu rozegranych gigantów: 28 listopada w Les Menuires, 18 grudnia w Valzoldana, 6 i 7 stycznia w Schwarzenbergu, 21 stycznia w Tignes i 8 marca w Shiga Kōgen oraz kombinację 16 grudnia w Altenmarkt. W klasyfikacji generalnej zwyciężyła z przewagą ponad 100 punktów nad Walliser i zdobyła pierwszą Kryształową Kulę. Ponadto zdobyła Małe Kryształowe Kule w klasyfikacjach slalomu i giganta, a w kombinacji była trzecia, za swą rodaczką Brigitte Oertli i Austriaczką Ulrike Maier. Rozgrywane w lutym 1989 roku mistrzostwa świata w Vail przyniosły jej trzy medale. Najpierw zdobyła srebro w kombinacji, osiągając jedenasty czas zjazdu i najlepszy czas slalomu. Na Podium rozdzieliła Tamarę McKinney i Brigitte Oertli. Drugie miejsce zajęła także w slalomie, ustępując tylko Matei Svet. Następnie zajęła 26. miejsce w supergigancie, jednak na zakończenie zwyciężyła w gigancie, wyprzedzając Francuzkę Carole Merle i Mateję Svet.