Pracownicy stacji kolejowej w Długołęce, widząc niepodporządkowanie się maszynisty lokomotywy do poleceń, dawali chorągiewkami i trąbkami znaki „stój”, również zignorowane przez maszynistę. Lokomotywa minęła rozjazd, a następnie przyśpieszyła do 80 km/h (mimo że powinna jechać z prędkością 40 km/h). Dyżurny ruchu zawiadomił stację Psie Pole z poleceniem zatrzymania Praha Express, ten jednak minął stację kilka sekund wcześniej. Gdy doszło do zderzenia, prędkość pociągu pospiesznego wynosiła 100 km/h.
W momencie katastrofy lokomotywa spalinowa ST43-268 została wyrzucona z torów na odległość czterdziestu metrów, bez wózków, po czym eksplodowała na pobliskiej łące. W katastrofie doszczętnie zniszczona została także elektryczna lokomotywa EU07-115 z wrocławskiej lokomotywowni oraz znajdujący się za nią wagon sypialny Warsu, który według oceny świadków zdarzenia i materiałów filmowych został całkowicie zniszczony. Siedem wagonów wykoleiło się, wiele doznało bardzo poważnych uszkodzeń. Mocne wagony radzieckie w składzie pozostały na torach (także ze względu na ostatnie miejsca w składzie). Na miejscu katastrofy oprócz służb ratowniczych pojawili się pracownicy Służby Bezpieczeństwa, którzy szczelnym kordonem otoczyli wagony radzieckie.