Był znany ze swoich prowokacyjnych i kontrowersyjnych wypowiedzi. W filmie dokumentalnym zrealizowanym w 2003 roku z okazji 50. rocznicy opracowania struktury DNA znalazła się jego wypowiedź określająca głupotę jako chorobę genetyczną, którą należy leczyćStupidity should be cured, says DNA discoverer NewScientist 2003..
14 października 2007 roku tygodnik „The Sunday Times” opublikował wywiad z Watsonem, w którym wyraził on wątpliwości, co do rozwoju Afryki, stwierdzając, że „polityka społeczna w tej kwestii opiera się na przekonaniu, iż przedstawiciele rasy czarnej dorównują inteligencją przedstawicielom rasy białej. Tymczasem badania pokazują, że jest inaczej”W oryginale: „all our social policies are based on the fact that their intelligence is the same as ours – whereas all the testing says not really”. . Po tej wypowiedzi rada Cold Spring Harbor Laboratory zawiesiła go w obowiązkach dyrektora, a Muzeum Nauki w Londynie i Uniwersytet Edynburski odwołały jego wykłady, które miał wygłosić na ich zaproszenia. Watson przeprosił za swoje wypowiedzi, mówiąc, że nie może sobie wyobrazić, jak mógłby coś takiego powiedziećNobel-winning biologist apologizes for remarks about blacks CNN.com..