Północne populacje pełzacza leśnego są bardziej ruchliwe i czasem opuszczają swe tereny, a ich przeloty mają charakter inwazyjny. Pełzacze ogrodowe nie zalatują tak daleko na północ, a więc na większości areału występowania są osiadłe.
Jest to bardzo bliski krewny, tzw. bliźniaczy gatunek, pełzacza leśnego. Specjacja tych gatunków rozpoczęła się, podobnie jak u wielu ptaków, z nastaniem okresu lodowcowego. Niektórzy badacze uważają, że pełzacz ogrodowy pochodzi od przodków, którzy żyli w liściastych gajach rosnących w basenie Morza Śródziemnego. Pełzacz leśny ma wywodzić się od form chroniących się przed zimnem w lasach iglastych Azji Środkowej. Współczesne gatunki zasiedlają zwykle inne biotopy.
W Polsce pospolity, średnio liczny ptak lęgowy (lokalnie nieliczny), występuje w całym kraju poza górami i północnym wschodem; najliczniejszy jest na zachodzie Według skali przyjętej przez autorów, dla okresu lęgowego średnio liczny oznacza zagęszczenie 10–100 par na 100 km², a liczny – 100–1000 par na 100 km².. Jest ptakiem zimującym.