Znany jest incydent, gdy Eugenia po przybyciu Klotyldy do pałacu Tuileries zaczęła ją pouczać, jaka etykieta panuje na dworze cesarskim. Klotylda dumnie spojrzała na cesarzową, która w jej oczach była parweniuszką i rzekła: – Wasza Cesarska Mość zapomina, że jestem wychowana na „prawdziwym” dworze królewskim!
Klotylda nie brała udziału w hucznych bankietach w Tuileries; usunęła się do swego paryskiego pałacu Palais-Royal i poświęcała się pobożnym modłom, dobroczynności oraz wychowaniu swych trojga dzieci. Gdy rodzina cesarska uciekała z Paryża (5 września 1870) po klęsce Napoleona III pod Sedanem, tylko Klotylda żegnana była przez ludność Paryża owacjami.
Po upadku monarchii napoleońskiej Plon-Plon i Klotylda schronili się w swym zamku w Moncalieri w Italii. Gdy małżonek powrócił do Francji w 1871 r., Klotylda pozostała w Moncalieri i nadal oddawała się swym pobożnym praktykom, nieomal na granicy manii religijnej. Przez ostatnie 40 lat życia opuściła zamek tylko dwa razy – w 1891 r. pojechała do Rzymu, do umierającego męża, by go skłonić do powrotu na łono Kościoła, co jej się nie udało i w 1904 r. na pogrzeb księżniczki Matyldy do Paryża.