Milan mały|240x240px|Andrea Pirlo w barwach Milanu w 2007 30 czerwca 2001 został sprzedany za 17 milionów euro (33 miliardy lirów włoskich) do Milanu, a ten sprzedał Interowi Dražena Brnčičia. W barwach Milanu zadebiutował 20 września 2001 w wygranym 2:0 meczu Pucharu UEFA przeciwko BATE Borysów, w którym wszedł z ławki rezerwowych, zmieniając Massimo Donatiego. Pierwszą bramkę dla Milanu strzelił 30 marca 2002 przeciwko Parmie, trafiając z rzutu wolnego. Pierwszy sezon zakończył z 29 meczami, zdobywając w nich dwie bramki i notując 5 asyst.
Juventus mały|209x209px|Andrea Pirlo (2012) Po dekadzie gry w Milanie przeniósł się do Turynu, gdzie 24 maja 2011 podpisał trzyletni kontrakt z Juventusem. W maju 2014 roku podpisał nową 2-letnią umowę z Juventusem.
Wraz z zespołem „Starej Damy” wywalczył cztery tytuły mistrza Włoch – 2012, 2013, 2014 i 2015, Puchar Włoch w 2015 roku (pierwszy od 20-tu lat dla Juventusu), a także dwukrotnie Superpuchar Włoch w 2012 i 2013 roku. Oprócz tego wraz z Juve doszedł do finału Ligi Mistrzów w 2015 roku, który odbył się na Stadionie Olimpijskim w Berlinie (na tym samym stadionie Włosi zdobyli Mistrzostwo Świata w 2006 po rzutach karnych przeciwko Francji;