Po bitwie naczelnik wieluńskiej żandarmerii doniósł, że w dworze leczono 8 powstańców, a w kościele zastał 9 trupów leżących we krwi pod chorągwią z napisem: "Braciom męczennikom 1861 r." Zarzucono Niemojowskiemu, że "chciał wzbudzić jeszcze większe u postronnych ludzi oburzenie do Rosjan" i że "zabitych chciał pochować na terenie parku w kurhanie, przez co mógłby dać powód do nowych manifestacji". Ponadto zarzucono, iż wskazał powstańcom winnych zdrady chłopów, których inny oddział powstańczy powiesił 9 kwietnia 1863.
Niemojowski i ks. Stanisław Korecki zostali aresztowani i skazani na karę śmierci, zamienioną następnie przez hr. Fiodora Berga na zesłanie na Syberię. Ks. Korecki do kraju już nie powrócił. Niemojowski przebywał w guberni jeniseńskiej, potem w Minnusiańsku, skąd jako agent handlowy odbywał podróże po Mongolii. Wrócił po 12 latach i osiadł w Warszawie.