Kariera zawodowa Oberheuser zdała końcowy egzamin państwowy i w 1937 uzyskała dyplom lekarski. Zaczęła pracę w Instytucie Fizjologii w Bonn, następnie pracowała w Klinice Dermatologicznej w Düsseldorfie jako lekarz asystent. Tytuł lekarza specjalisty dermatologa uzyskała w 1940. Ponieważ jej ojciec zachorował, rodzina Oberheuser ponownie wpadła w finansowe tarapaty. Herta zdecydowała się pomagać finansowo rodzicom. Ponieważ w klinice nie było zadowalających możliwości zarobku, zaczęła rozglądać się za innym miejscem zatrudnienia.
W 1940 nadeszła szansa dobrego zarobku. Z fachowego pisma medycznego dowiedziała się, że SS poszukuje lekarki do kobiecego obozu szkoleniowego koło Berlina. Zgłosiła się i po 3 miesiącach przeszkolenia w grudniu tego roku skierowano ją do obozu w Ravensbrück, gdzie objęła etat lekarza obozowego. W Ravensbrück przebywała do czerwca 1943, biorąc czynny udział w zbrodniczych pseudoeksperymentach przeprowadzanych przez lekarzy SS (zwłaszcza lekarzy Waltera Sonntaga i Gerharda Schiedlauskyego, Karla Gebhardta) na więźniarkach obozu. Od lipca 1943 do końca wojny Oberheuser pracowała jako asystentka w sanatorium SS w Hohenlychen 12 km od Ravensbrücku u prof. dr.