Za czasów panowania Zygmunta Augusta zamek nie pełnił funkcji rezydencji, lecz raczej miejsca gdzie przechowywano armaty oraz prywatny skarbiec i bibliotekę króla sprowadzoną z Wilna.
1 września 1572 r. zarządcami nad skarbcem królewskim na zamku zostali kasztelan gnieźnieński Jan Tomicki i Piotr Zborowski„Bezkrólewie” Świętosław Orzelski księga 1 s. 16.. Do pomocy przydzielono im Jana Chodkiewicza, starostę żmudzkiego oraz Ławryna Wojnę, podskarbiego Wielkiego Księstwa. Ci dwaj mieli się zająć ufortyfikowaniem zamku tykocińskiego w czasie pobytu Tomickiego i Zborowskiego na Litwie„Herby rycerstwa polskiego” Bartosz Paprocki s. 873.. 10 września 1573 r. z zamku wyruszył kondukt wiozący ciało zmarłego w Knyszynie króla Zygmunta Augusta na WawelJózef Maroszek „Pogranicze Litwy i Korony w planach króla Zygmunta Augusta” Białystok 2000 r., s. 309–395.. Król Stefan Batory w wybudowanym przez Łukasza Górnickiego zamkowym budynku umieścił arsenał koronny z 500 armatami. Za panowania Zygmunta III Wazy – w 1601 r.