Przez ostatnie dwa lata życia mieszkał w Warszawie u Pauli Sawickiej, swojej przyjaciółki.
Zmarł 2 października 2009 z powodu niewydolności oddechowej. Został pochowany 9 października na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej (kwatera 12)Grób Marka Edelmana w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie.. W pogrzebie uczestniczyło około 2 tysięcy osób. Mowę nad grobem wygłosił Jacek Bocheński. Wcześniej przed pomnikiem Bohaterów Getta przemawiali także: Tadeusz Mazowiecki, Adam Michnik i Aleksander Smolar. Na uroczystości obecni byli również m.in. prezydent RP Lech Kaczyński, sekretarz stanu w Kancelarii Prezydenta RP Ewa Junczyk-Ziomecka, naczelny rabin Polski Michael Schudrich, były ambasador Izraela w Polsce Szewach Weiss, przewodniczy warszawskiej gminy żydowskiej Piotr Kadlczik, były minister spraw zagranicznych Izraela Mosze Arens, marszałek Senatu Bogdan Borusewicz, były prezydent RP Lech Wałęsa, prezydent m.st. Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz, a także reżyserka Agnieszka Holland, Symcha Rotem i Konstanty Gebert. Życie prywatne Z małżeństwa z Aliną Margolis (1922–2008) miał dwoje dzieci: syna Aleksandra (ur. 1951) i córkę Annę (ur. 1956).
Nałogowo palił papierosy.
Przez całe życie deklarował się jako antysyjonista.