była pochodzenia niemieckiego, według własnej – dziś kwestionowanej – legendy ze szlacheckimi korzeniami. Do Gdańska przeprowadził się jego dziad, który straciwszy uprzednio majątek, musiał utrzymywać się z powroźnictwa – stąd przydomek jego potomków „Flachsbinder”, względnie „Linodesmon”. Jego ojciec jako piwowar i kupiec zdołał dorobić się znacznej fortuny.
Po ukończeniu szkoły parafialnej w Grudziądzu, w 1499 r. młody Jan podjął studia na uniwersytecie w Greifswaldzie, skąd rok później przeniósł się na uniwersytet krakowski. Studia jednak przerwał, decydując się na służbę w charakterze pomocnika pisarza u króla Jana Olbrachta. W 1501 r. przeszedł na służbę do kanclerza Jana Łaskiego, z którym w 1502 r. uczestniczył w wyprawie przeciwko Wołochom i Tatarom. W 1503 r. powrócił na dwór monarszy Aleksandra Jagiellończyka zostając pisarzem królewskim. Jan Dantyszek był członkiem „towarzystwa ożralców i opilców”.