Otrzymał nagrody Polcul Foundation (1990), „Odry” (1994), Polskiej Fundacji Kulturalnej w Londynie (1995), „Za osiągnięcia w badaniach polonijnych” (2000), Nagrodę im. Jerzego Giedroycia (2001) – za książkę Życie polityczne Emigracji, Nagrodę im. ks. dra Leopolda Otto (2005) przyznawaną przez „Zwiastun Ewangelicki”, nagrodę „Polityki” (2011) oraz Nagrodę im. Kazimierza Moczarskiego (2011) za książkę Anatomia buntu. W 2018 wyróżniony Nagrodą im. Tadeusza Kotarbińskiego. W 2010 wyróżniony Medalem „10 lat Instytutu Pamięci Narodowej”.
W 2015 jego książka pt. Rewolucja Solidarności 1980–1981 została nominowana do Nagrody Historycznej im. Kazimierza Moczarskiego. W 2025 nadano mu honorowe obywatelstwo m.st. Warszawy
Wybrane publikacje KOR. Ludzie-działania-idee (wydana pod pseudonimem Witold Wolski), 1983 O kształt Niepodległej, 1989 Polska Podziemna 1939–1945 (współautor), 1991 Opozycja polityczna w PRL 1945–1980, 1994 Polska Gierka, 1995 Oaza na Kopernika. Klub Inteligencji Katolickiej 1956–1989, 1997 Życie polityczne Emigracji, 1999 Polska. Losy państwa i narodu 1939–1989, 2003 Solidarność podziemna 1981–1989 (red.), 2006 Przystosowanie i opór. Studia z dziejów PRL, 2007 Anatomia buntu. Kuroń, Modzelewski i komandosi, 2010 PRL wobec Kościoła. Akta 1970–1978, 2010 Adam Ciołkosz.