Władzę sądowniczą uzupełnia Sąd Bośni i Hercegowiny (boś., chor. Sud Bosne i Hercegovine, serb. Суд Босне и Херцеговине) z trzema wydziałami – Administracyjnym, Apelacyjnym i Kryminalnym. Na szczeblu federacyjnym funkcjonują ponadto Sądy Najwyższe, a także sądy na poziomie kantonów i gmin.
Władza na szczeblu federacyjnym i kantonalnym Federacja Bośni i Hercegowiny
Federację Bośni i Hercegowiny reprezentuje Prezydent (Predsjednik Federacije Bosne i Hercegovine), którego wraz z dwoma wiceprezydentami (przedstawiciele dwóch pozostałych grup etnicznych) zatwierdzają większością głosów obie izby Parlamentu Federacji (Parlament Federacije Bosne i Hercegovine).
W jego skład wchodzą: Izba Reprezentantów Federacji Bośni i Hercegowiny (bośn. Predstavnički dom Parlamenta Federacije Bosne i Hercegovine, chorw. Zastupnički dom Parlamenta Federacije Bosne i Hercegovine, serb. Представнички дом Парламента Федерације Босне и Херцеговине, Predstavnički dom Parlamenta Federacije Bosne i Hercegovine) – zasiada w niej 98 delegatów wybieranych w powszechnym głosowaniu. Izba Narodów Federacji Bośni i Hercegowiny (bośn. i chorw. Dom naroda Parlamenta Federacije Bosne i Hercegovine, serb.