7 września 2015 podpisał kontrakt z Werderem Brema i tym samym po raz trzeci powrócił do zespołu zielono-białych. Umowa będzie obowiązywać przez rok. Do nowej drużyny Pizarro dołączył na zasadzie wolnego transferu, gdyż jego poprzedni kontrakt z Bayernem Monachium nie został przedłużony. W nowym klubie będzie występował z numerem 14 na koszulce. Po sezonie 2019/2020 zakończył karierę piłkarską.
Statystyki kariery KlubSezonRozgrywkiLigaPuchary krajowyRozgrywki międzynar.RazemMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiDeporitvo Pesquero1996Primera División Peruana173000017319972580000258Razem 421100004211Alianza Lima1998Primera División Peruana227001123391999221800102318Razem 4425001225627Werder Brema1999-00Bundesliga2510529339152000-01311910543723Razem 5629621477638Bayern Monachium2001-02Bundesliga30154014448192002-033115627244192003-043111417042122004-052311567435212005-062611556137172006-07338201044512Razem 1747126145115251100Chelsea2007-08Premier League2124120273Razem 2124120273Werder Brema2008-09Bundesliga26175415746282009-10261641101140282010-11229225329142011-12291800002918Razem 10360117302114488Bayern Monachium2012-13Bundesliga206236428132013-141710315025112014-151302120171Razem 5016751347025Werder Brema2015-16Bundesliga281442––32162016-1719100 - -191Razem 4715420051171.