W grudniu 2013 prokurator umorzył postępowanie w odniesieniu do kolejnych zarzutów, w tym związanych z nagraniem przedstawionym przez Sławomira Julkego. W październiku 2015 Jacek Karnowski został przez Sąd Rejonowy w Sopocie w I instancji uniewinniony od popełnienia większości pozostałych zarzucanych mu czynów, jednocześnie postępowanie o czyn polegający na poświadczeniu nieprawdy zostało warunkowo umorzone. W październiku 2016 decyzję tę utrzymał w mocy Sąd Okręgowy w Gdańsku. W styczniu 2018 Sąd Najwyższy uznał za bezzasadną kasację prokuratora od tego wyroku.
W 2014 i 2018 z powodzeniem ubiegał się o prezydencką reelekcję, wygrywając wówczas wybory w pierwszej turze. Zasiadł w kapitule nagrody im. księdza Józefa Tischnera. Został też współprzewodniczącym jury konkursu rzeźbiarskiego Baltic Horizons. W latach 2021–2025 pełnił funkcję prezesa zarządu samorządowego stowarzyszenia Tak! Dla Polski.