29 stycznia 2001 Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów przyznała WSP pierwsze uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora, otrzymał je Wydział Filologiczno-Historyczny w dyscyplinie historia. W tym samym roku w sejmowej komisji edukacji, nauki i młodzieży przepadł projekt utworzenia Uniwersytetu Częstochowskiego na bazie WSP i Instytutu Teologicznego. Powodem jego odrzucenia był brak wykwalifikowanej kadry. Rok później Ministerstwo Edukacji Narodowej rozważało utworzenie uniwersytetu z połączenia WSP i Politechniki Częstochowskiej, jednak wobec braku jednoznacznej deklaracji ze strony PCz projekt został zaniechany.
Po licznych debatach w środowisku akademickim uznano, że najlepszym kandydatem na patrona uczelni w momencie przekształcenia WSP w AJD będzie Jan Długosz. Postać kronikarza jest związana z ziemią częstochowską, gdzie się urodził, a później pełnił posługę kapłana. Po przedstawieniu tej propozycji, Senat WSP podjął 26 marca 2003 decyzję o wyborze Jana Długosza na patrona uczelni.