Obszar położony między dwoma pasmami wzgórz jest wykorzystywany przez główne systemy komunikacyjne miasta. Miasto dzieli na pół rzeka Nachal Gaton, na północ od którego płynie jeszcze strumień Sza’al. Wszystkie te strumienie spływają z położonych na wschodzie wzgórz i mają ujście do Morza Śródziemnego. W odległości 1 km na zachód od północnej części miasta znajdują się niewielkie wysepki Achziw.
Powierzchnia miasta wynosi 10,233 km². Rozciągłość zabudowań miejskich w kierunku południkowym wynosi ok. 6 km, a w kierunku równoleżnikowym ok. 2 km. Tereny wokół miasta są wykorzystywane pod intensywną działalność rolniczą. Dla potrzeb rolnictwa wybudowano dwa zbiorniki wody, które znajdują się na północny wschód i południowy wschód od NaharijjiDane z wikimapia.org..
Klimat Naharijja ma klimat śródziemnomorski, który charakteryzuje się gorącymi i suchymi latami oraz chłodnymi i deszczowymi zimami. Wiosna rozpoczyna się w marcu, a w drugiej połowie maja rozpoczyna się lato. Średnia temperatura latem wynosi 35 °C, a zimą 16 °C. Największe opady deszczu występują pomiędzy październikiem a kwietniem. Suma rocznych opadów atmosferycznych wynosi 524 mm.