W okresie 30 stycznia-22 marca 1941 dowodził zespołem „Scharnhorst” – „Gneisenau” podczas udanego rajdu przeciw żegludze na Atlantyku (operacja Berlin). Był następnie jednym z organizatorów operacji Rheinübung – rejsu korsarskiego pancernika „Bismarck” i krążownika „Prinz Eugen” w maju 1941 i dowódcą tego zespołu okrętów. W rozmowie z kmdr. Vossem przed operacją „Rheinubung” powiedział: Chciałbym się pożegnać, nigdy już nie wrócę. Jeśli się weźmie pod uwagę przewagę Brytyjczyków, nie jest prawdopodobne, abyśmy to przeżyli.... Zginął wraz z pancernikiem „Bismarck” 27 maja 1941.
Jego imieniem nazwano niszczyciel rakietowy marynarki RFN „Lütjens”, oddany do służby w 1969.
Odznaczenia Krzyż Rycerski Krzyża Żelaznego – 14.06.1940 Krzyż Żelazny I klasy z okuciem ponownego nadania- 09.1939 Krzyż Żelazny II klasy z okuciem ponownego nadania – 10.1939 Krzyż Rycerski Orderu Domowego Hohenzollernów z Mieczami – 12.1917 Krzyż Żelazny I klasy – 08.1916 Krzyż Żelazny II klasy – 10.1915 Krzyż Fryderyka Augusta I i II Klasy (Oldenburg) Krzyż Rycerski II Klasy Orderu Lwa Zeryngeńskiego (Badenia) Krzyż Hanzeatycki (Hamburg) Krzyż Honorowy za Wojnę 1914/1918 (dla Frontowców) Odznaka za służbę w Wehrmachcie klas I-IV Odznaka Honorowa Niemieckiego Czerwonego Krzyża I Klasy Medal Pamiątkowy za Powrót Kłajpedy Medal Pamiątkowy 1