Dziedziczną władzę książęta zachowali natomiast na Mazowszu Czerskim.

Rządy z bratem Mimo wcześniejszego osiągnięcia przez Stanisława i Janusza III pełnoletniości regencja matki trwała aż do 1518 i zakończyła się dopiero w wyniku rozruchów szlachty zaniepokojonej niekończącymi się rządami księżnej wdowy. Fakt objęcia formalnych rządów przez książąt nie zmienił stosunków wewnętrznych i Anna aż do swej śmierci w marcu 1522 zachowała realną władzę.

W 1518 bracia wzięli udział w uroczystościach zaślubin w Krakowie króla Polski Zygmunta Starego z Boną Sforzą, zaś w latach 1519–1520 w wojnie Polski z zakonem krzyżackim.

Aż do śmierci brata Stanisława w 1524 Janusz nie otrzymał własnej dzielnicy, pozostając w tak zwanym niedziale. W 1525 książę Janusz III zakazał w księstwie mazowieckim wyznawania i rozpowszechniania luteranizmu pod groźbą kary utraty życia i majątku.

thumb|left|Pieczęć Janusza i Stanisława mazowieckich thumb|200 px|center|Miejsce pochówku braci w bazylice w Warszawie

Śmierć i podejrzenie otrucia Śmierć 8 sierpnia 1524 brata Stanisława uczyniła Janusza III samodzielnym władcą większej części Mazowsza.