Na Mazowszu oskarżenia padały coraz częściej i w końcu posypały się nawet wyroki śmierci. Ostatecznie wyjaśnieniem sprawy śmierci książąt zdecydował się zająć osobiście Zygmunt Stary, który powołał do życia specjalną komisję. 9 lutego 1528 król wydał edykt, w którym stwierdzał, że książęta nie sztuką ani sprawą ludzką, lecz z woli Pana Wszechmogącego z tego świata zeszli. Mimo to pogłoski szerzyły się dalej i coraz powszechniej zaczęto o otrucie oskarżać polską królową Bonę.
Jednym z powodów śmierci Janusza mogła być przyczyna podana przez kronikarza Marcina Bielskiego, to znaczy zatrucie alkoholem (od którego podobno nie stronili obaj bracia). Badania genetyczne szkieletu Janusza III wykazały, że należał do haplogrupy .
Badania genetyczne W ramach projektu "Dynastia i społeczeństwo państwa Piastów w świetle zintegrowanych badań historycznych, antropologicznych i genomicznych" zespół pod kierunkiem prof. Marka Figlerowicza pobrał i przeanalizował materiał genetyczny należący do Janusza III i jego brata Stanisława. Wyniki potwierdziły, że bracia posiadają charakterystyczną dla Piastów mazowieckich haplogrupę R1b ale jednocześnie wykazały, że mieli różne DNA mitochondrialne co oznacza, że mieli różne matki.