Tłem dla działalności komisji był proces przejmowania zasobu archiwalnego MSW, rozpoczęty przekazaniem od lipca do grudnia 1989 z Centralnego Archiwum MSW (Biuro „C”) do kierowanego przez Krolla Archiwum Akt Nowych materiałów archiwalnych z okresu międzywojennego. Od listopada 1989 do początków 1990 toczył się spór pomiędzy Główną Komisją Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce – Instytutem Pamięci Narodowej (GKBZHwP–IPN), kierowaną przez wiceministra sprawiedliwości Józefa Musioła, a Naczelną Dyrekcją Archiwów Państwowych (NDAP) z Marianem Wojciechowskim i Danutą Rocką o przejęcie akt sądowych i więziennych dotyczących powojennych procesów politycznych, rozstrzygnięty w praktyce mimo obietnic ze strony ministerstwa na korzyść GKBZHwP–IPN. Od lutego do kwietnia 1990 w rezultacie interwencji NDAP u ministra Samsonowicza archiwa państwowe przeprowadziły wizyty w wojewódzkich urzędach spraw wewnętrznych w sprawie przejęcia akt niewytworzonych przez MSW, co wbrew deklaracjom ministra Kiszczaka również nie przyniosło większych nabytków.