Zakres i charakter materiałów udostępnionych komisji nie jest znany, ponieważ zgodnie z relacją Ajnenkiela nie był rejestrowany – kwestia ta stała się przedmiotem kontrowersji. Według relacji Holzera członków komisji nie dopuszczono do akt wytworzonych przez Departament I MSW (wywiad) ani do teczek personalnych funkcjonariuszy i tajnych współpracowników. Według innych informacji wobec odmowy dostępu do akt wywiadu skoncentrowali się na aktach Departamentu III (walka z działalnością antypaństwową wewnątrz kraju).

5 czerwca 1990 wiceminister spraw wewnętrznych Jan Widacki poinformował w Sejmie podczas posiedzenia Komisji Nadzwyczajnej do Zbadania Działalności MSW, że Centralne Archiwum MSW zostanie przekazane Urzędowi Ochrony Państwa. Na tym samym posiedzeniu przedmiotem dyskusji było podpalenie mieszkania i śmierć żony dziennikarza „Gazety Wyborczej” Jerzego Jachowicza, który pisał o niszczeniu akt i o zabójstwie Przemyka, w kwietniu 1990.