Z chwilą otrzymania pieczęci podkanclerzego koronnego prawie zupełnie przestał zajmować się diecezją, podobnie zresztą jak objętą 2 grudnia 1606 prepozyturą klasztoru kanoników regularnych Grobu Bożego w Miechowie. W 1604 był zwolennikiem osadzenia Dymitra Samozwańca na tronie moskiewskim. 31 marca 1606 Pstrokoński otrzymał nominację na kanclerza, małą pieczęć dostał Stanisław Miński. Po otrzymaniu datowanej 15 września 1608 bulli translacyjnej wydał z Krakowa ostatnie rozporządzenia jako biskup przemyski 20 grudnia ofiarował kapitule przemyskiej dwie wsie. W styczniu 1609 pojechał na sejm do Warszawy; wystąpił tam już jako biskup włocławski. 22 stycznia 1609 złożył pieczęć kanclerską. Wraz z innymi senatorami brał 30 stycznia udział w rozmowie z posłami stanów pruskich na temat sytuacji religijnej; bronił wówczas praw jezuitów do działalności w miastach Prus Królewskich. 16 lutego był w Wolborzu i przystąpił do sprawowania biskupich czynności. 16 maja 1609 odbył ingres do katedry we Włocławku, będąc już poważnie chory.