Wezwania do pokuty Powinno się przecie przyjąć tego, który zgrzeszył a czyni pokutę... Jeśli kto trwa w takich uczynkach i nie pokutuje, stroń od niego („Przykazanie” IV, 1,8-9). Wyłącznie dla powołanych, przed nastaniem czasu obecnego, Pan ustanowił pokutę... Zmiłował się nad swym stworzeniem i taką ustanowił pokutę, i mnie ...dał władzę... Po owym powołaniu wielkim i świętym, jeśli się ktokolwiek da diabłu skusić do grzechu, jeden raz tylko będzie mógł czynić pokutę. Jeśli zaś zaraz potem znowu grzeszy i znowu pokutuje, na nic się to nie przyda takiemu człowiekowi ("Przykazanie" IV, 3,4-6). Którzy z całego serca pokutować będą i oczyszczą się ze swych niegodziwości... i już nowych grzechów nie przydadzą do dawniejszych, tych Pan uzdrowi z dawnych grzechów („Podobieństwo” VIII, 11,3).
Podsumowanie Pasterz jest cennym dokumentem o życiu chrześcijańskim w drugim pokoleniu wiernych. Widać pozostałości i naleciałości judeochrześcijańskie, szczególnie w nauce o małżeństwie („Przykazanie” IV), różne źródła doktryny o cnocie, występującej w zabarwieniu stoickim, pitagorejskim, cynickim, oraz wiele problemów życia codziennego.