z Węgier, prawdopodobnie wskutek prześladowań religijnych, przed którymi szukali schronienia.
W latach 1692–1695 Jan Sebastian uczęszczał do szkoły łacińskiej przy kościele św. Jerzego (w tej samej szkole 200 lat wcześniej uczył się Marcin Luter). Ojciec uczył młodego Bacha gry na skrzypcach oraz klawesynie, podczas gdy jego stryj – Johann Christoph, organista w Georgenkirche w Eisenach – udzielał Janowi Sebastianowi lekcji gry na organach. Bach był bardzo zdolnym uczniem i w krótkim czasie opanował sztukę gry na tych instrumentach.
Matka Bacha zmarła w 1694 roku, a dziewięć miesięcy później, zmarł także jego ojciec. Osierocony Jan Sebastian nie miał jeszcze 10 lat, gdy opiekę nad nim oraz jego bratem Johannem Jakobem, przejął najstarszy brat Johann Christoph (1671–1721), organista w St. Michaeliskirche w niedalekim Ohrdruf.