W 1995 roku do manualnej przekładni dodano „automat” F-matic inspirowany technologią z Formuły 1. Biegi można zmieniać na dwa sposoby m.in. przy zmianie ręcznej, używając przycisków przy kierownicy. Od 1997 roku oferowany był mocniejszy i większy, 280-konny motor o pojemności 3,2 litra, będący modyfikacją dotychczasowej jednostki. Wtedy też wprowadzono nową, ręczną skrzynię biegów o sześciu przełożeniach, która zastąpiła 5-stopniową. W zależności od wybranej przekładni, auto wyposażano w inny mechanizm różnicowy o ograniczonym poślizgu. Wersja przed liftingiem posiadała charakterystyczny przód z wysuwanymi lampami.
W 2001 roku auto przeszło face lifting. Zmienione zostały m.in. przednie reflektory, które z wysuwanych zastąpione zostały zwykłymi w kształcie rombu. Przy okazji zmieniony został design zderzaków oraz rozmiar kół, a także wprowadzono na rynek japoński wersję NSX-R.
Auto w całości produkowane było w Japonii w najmniejszej fabryce marki w Tochigi, gdzie zatrudnionych zostało tylko dwunastu pracowników, których zadaniem było budowanie pojazdów bez pośpiechu i z najwyższą precyzją. Honda NSX w Stanach Zjednoczonych sprzedawana była pod stworzoną i należącą do Hondy marką Acura.