W toku rozgrywki gracz otrzymuje Epocha, wehikuł, który umożliwia podróż w czasie bez potrzeby wcześniej podróży na Koniec Czasu.
Postaci W grze pojawia się siedem różnych postaci grywalnych pochodzących z różnych er historii gry. Chrono Trigger rozpoczyna się w 1000 roku, w którym żyją Crono, Marle i Lucca. Crono jest protagonistą gry, milczącym, odważnym młodzieńcem zainteresowanym sztuką władania kataną. Marle żyje w zamku otoczonym przez gęste lasy. Jest odizolowaną od reszty świata dziewczyną, ryzykantką i buntowniczką, która pewnego razu wymyka się z zamku, aby pozwiedzać miasto i zobaczyć odbywający się w nim festyn. Lucca jest przyjaciółką Crona i geniuszem mechaniki, jej dom jest wypełniony przyrządami laboratoryjnymi i przeróżną maszynerią, sama posługuje się bronią palną.
Przyjacielski robot Robo, powstały jako „R66-Y” aby pomagać ludziom, pochodzi z 2300 roku. Znaleziony wadliwym zostaje naprawiony przez Luccę, przez co, z wdzięczności, dołącza do grupy. Pewna siebie i wyjątkowo silna fizycznie Ayla pochodzi z czasów prehistorycznych, ok. 65 000 000 p.n.e., kiedy to pełni rolę przywódcy wioski Ioka, prowadząc współmieszkańców do wojny przeciwko gatunkowi humanoidalnych gadów nazywanych Repites.