Historia W roku 1000, podczas festiwalu z okazji rozpoczęcia się nowego millennium, Crono i Marle przyglądają się Lucce i jej ojcu, którzy demonstrują swój najnowszy wynalazek – maszynę służącą do teleportacji. Kiedy Marle zgłasza się na ochotnika, aby przetestować maszynę, jej naszyjnik ingeruje w mechanizm urządzenia, tworząc portal czasowy, w który zostaje ona wciągnięta. Crono i Lucca oddzielnie wytwarzają podobne portale i przedostają się nimi do roku 600. Dowiadują się wówczas, iż obecność Marle wywołała sytuację opisaną w paradoksie dziadka, poprzez zapobiegnięcie uratowania jej porwanego przodka. Crono i Lucca, z pomocą Froga, przywracają porządek, ratując porwaną dziewczynę. Po powrocie do teraźniejszości, Crono zostaje aresztowany pod zarzutem porwania księżniczki i zostaje skazany na śmierć przez złego doradcę króla. Lucca i Marle pomagają Crono w ucieczce, ryzykownie korzystając z nowego portalu, aby uciec przed goniącymi ich strażnikami. Przybywając do roku 2300, odkrywają, iż ludzkość została zniszczona przez ogromne stworzenie znane jako Lavos, które pojawiło się w 1999.