Janus przyrzekł sobie, iż odkryje sposób w jaki można wezwać bestię, a następnie ją unicestwić. Przyjął pseudonim Magus i zdobył kult wiernych, którzy wierzyli, iż chce on wezwać Lavosa, aby samemu przejąć władzę nad planetą. Bohaterowie gry początkowo myślą, iż to właśnie Magus przyczynił się do powstania Lavosa, jednak później dowiadują się o jego skomplikowanej przeszłości. Przenoszą się w czasie do 12 000 roku p.n.e. i przybywają do Ocean Palace, aby zapobiec wezwaniu bestii przez królową. Nie są dobrze przygotowani do walki i kiedy Lavos próbuje wszystkich zabić, Crono poświęca swoje życie, by uchronić pozostałych przed śmiercią. Dorosłemu Magusowi nie udaje się pokonać Lavosa, a siła bestii wywołuje wielkie tsunami, które niszczy Zeal i zalewa większość planety. Ocean Palace wznosi się w powietrze, stając się Black Omen, które, jeśli nie zostanie zniszczone, istnieje we wszystkich przyszłych okresach. Grupa zwraca się z prośbą o pomoc do Gaspara, który daje im urządzenie o nazwie Chrono Trigger, które jest w stanie zamienić Crono tuż przed jego śmiercią z jego atrapą. Bohaterowie zbierają wszystkie niezbędne elementy potrzebne do uruchomienia urządzenia, wracają do roku 12 000 p.n.e. i ratują Crono, zostawiając atrapę, która przyjmuje na siebie cały atak.