Po wojnie został awansowany do stopnia generała-porucznika i objął kierownictwo nad Okręgiem Wojskowym w Sewilli. Podobnie jak generał Juan Yagüe, do końca życia pozostał krytyczny zarówno do rządów Franco, jak i hiszpańskiej rodziny królewskiej. Jest jedną z osób odpowiedzialnych za zamordowanie 19 sierpnia 1936 roku w okolicy Alfacar poety Federico Garcii Lorci.
Konflikt z Franco Gonzalo Quiepo de Llano nie żywił sympatii do generała Franco, i to z wzajemnością. W 1928 roku przyszły caudillo wybrał niejakiego Miguela Campinsa Aurę na swojego zastępcę w Głównej Wojskowej Akademii w Saragossie. Mimo że w trakcie puczu Campins pozostał wierny Republice, wciąż łączyły go przyjazne więzy z Franco. Próbę przejścia na stronę puczystów podjął na jego nieszczęście za późno, przez co został zatrzymany i przewieziony do Sewilli, gdzie Quiepo de Llano postawił go przed Trybunałem Wojennym, który skazał go na karę śmierci. Franco wysyłał list za listem błagając o ułaskawienie przyjaciela, jednak Gonzalo pozostał niewzruszony. W przededniu egzekucji otrzymał do rąk własnych list który przyniósł mu Franco Salgado-Araujo, kuzyn Francisco będący jego adiutantem. Quiepo skwitował to cynicznie:Nie mam ochoty otwierać żadnej kolejnej korespondencji od tego waszego generała, który znowu powraca do tego samego nudnego tematu.