Przedsiębiorstwo ucierpiało podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939. Studnie głębinowe zakładu zasilały w wodę uszkodzoną sieć miejską, a w budynku słodowni zakwaterowano 500 uciekinierów z zachodniej części kraju. Po zajęciu Warszawy browar znalazł się pod administracją niemiecką i funkcjonował do powstania warszawskiego. W październiku 1943 niemiecki Sąd Doraźny skazał syna współwłaściciela przedsiębiorstwa Jerzego Antoniego Schielego za działalność konspiracyjną na karę śmierci; został on rozstrzelany w grudniu tego samego roku.
W czasie powstania warszawskiego browar znajdował się pod kontrolą Niemców i jedynie nocami penetrowały go oddziały powstańcze. Polacy zajęli natomiast pobliskie magazyny przedsiębiorstwa przy ul. Grzybowskiej 58 (wejście od ul. Ceglanej 4/6), w których znajdowały się m.in. duże zapasy jęczmienia, stały się ważnym źródłem żywności dla mieszkańców miasta. Ze zboża przygotowywano m.in. zupę plujkę.
Po wojnie zniszczenia zakładów oceniano na 70%. Z wywiezionych z Warszawy maszyn odzyskano jedynie aparaturę z Fabryki Wódek i Likierów przy ul. Ceglanej. W piwnicach zniszczonego browaru znajdowało się kilka tysięcy hektolitrów piwa, które sprzedano w marcu i kwietniu 1945.