Z powodu dość licznych nieporozumień między 5 Brygadą „Łupaszki” a sowiecką Brygadą Wilejską ppłk. Fiodora Markowa, komendant inspektoratu BC mjr Mieczysław Potocki ps. „Węgielny” wystąpił z wnioskiem do komendanta Okręgu „Wiano” aby 5 Brygada odeszła z terenu Inspektoratu BC do innego Inspektoratu. W zamian prosił o przydzielenie innej brygady. Komendant „Wilk” wydał dyspozycje, aby 5 Brygadę przeszła do Inspektoratu „A” mjr. „Pohoreckiego”. W zamian do Inspektoratu BC trafiła 1 Brygada por. Czesława Grombczewskiego ps. „Jurand”. Z początkiem maja nastąpiło przekazanie brygad.
23 czerwca 1944 roku 5 Wileńska Brygada AK zaatakowała zamieszkaną wówczas przez wojskowych osadników litewskich wieś Dubinki, mordując ponad 20 jej mieszkańców, w tym kobiety i dzieci. Był to odwet za zbrodnię na mieszkańcach Glinciszek, dokonaną 20 czerwca przez litewski oddział Schutzmannschaft.
W końcu czerwca brygada weszła w skład Zgrupowania nr 1 Okręgu Wilno Armii Krajowej i odpoczywała w okolicach jezior Sużańskich. Jej 3 szwadron stacjonował w Mejrańcach. 4 lipca Brygada ruszyła na zachód. Przechodząc przez szosę Wilno-Podbrodzie rozbiła w marszu niedużą kolumnę samochodową. 6 lipca w marszu zaatakowała i zdobyła miasteczko Suderwę i stację nasłuchowo-nadawczą Luftwaffe.