Ograniczone ilości materiału dostępnego do badań spowodowała, że Pregl zainteresował się metodami analitycznymi pozwalającymi na ilościowe oznaczenie składu niewielkiej próbki materiału.
W latach 1910–1913 przebywał na Uniwersytecie w Innsbrucku, gdzie rozwijał swoje metody ilościowej mikroanalizy związków organicznych. W 1913 roku wrócił na Uniwersytet w Grazu, w latach 1916–1917 pełnił tam funkcję dziekana Wydziału Medycyny, w od 1920 do 1921 roku wicekanclerza uczelni.
Prace badawcze Wśród osiągnięć F. Pregla jest wymieniane opracowanie metody analizy chemicznej związków organicznych na skalę mikro (1912–1916) – do dokładnych oznaczeń wystarcza 2–6 mg substancji. Metoda Pregla umożliwiła rozwój chemii związków naturalnych, trudno dostępnych w większych ilościach (np. witamin i hormonów zwierzęcych).
Wyróżnienia i nagrody Lieben-Preis – 1914 doktorat honoris causa Uniwersytetu w Getyndze – 1920 Nagrody Nobla w dziedzinie chemii za opracowanie metody mikroanalizy substancji organicznych – 1923