Wśród zamieszkujących te tereny małych drapieżników można wyliczyć lisy, jenoty, borsuki, kuny leśne, tchórze i piżmaki.
Obydwa puszczańskie nadleśnictwa prowadzą ośrodki zwierzyny łownej, gdzie organizowane są komercyjne polowania dla myśliwych pragnących zdobyć wysokiej klasy medalowe trofea.
Atrakcją puszczy jest wolnościowe stado około 100 dzikich żubrów, które jednak unikają kontaktu z ludźmi, dlatego dla wygody turystów zbudowano w okolicy Woliska zagrodę, w której na stałe przebywa kilka żubrów. Żubry zostały osiedlone w Puszczy w 1956 roku i początkowo były hodowane w zamknięciu. Sześć lat później całe stado uzyskało wolność.
Rysie występują tu bardzo nielicznie (w ilości około 2 sztuk) ze względu na wielkość swoich terytoriów i obecność wilków (ok. 10 sztuk), które stanowią dla nich konkurencję i zagrożenie (szczególnie dla młodych).
W Puszczy Boreckiej występuje 141 gatunków ptaków. Spotkać można dzięcioła białogrzbietego, dzięcioła średniego, muchołówkę małą, orzechówkę, sikorę ubogą, rybitwy zwyczajne, perkozy, bąki i żurawie. Z ptaków chronionych spotyka się bieliki (2 pary), orliki krzykliwe (ok. 25 par), rybołowy (1 para) i bociany czarne (16 par).