Pod koniec sezonu drugiego Megatron zdołał poważnie uszkodzić ciało Optimusa, wywołując wielką burzę czasową; jednak Optimus Primal zabrał iskrę swego przodka, by ją chronić (co dało mu nową postać – Optimal Optimusa), podczas gdy Rhinox i reszta naprawili ciało Prime'a, a oś czasu powróciła do normy.
Wiele z odcinków wprowadzało obce artefakty, nienależące do Ziemian ani mieszkańców Cybertronu, lecz do rasy kosmitów zwanej „Vok”. Artefakty te miały wielką moc. Aktywacja obcej „latarni” zniszczyła to, co wydawało się drugim księżycem, lecz tak naprawdę było wielkim przekaźnikiem obcych. Zniszczenie „planet bustera” zabiło część postaci, zmieniło inne w formy „Transmetal” i pozostawiło część nienaruszoną.
Beast Wars było pierwszą serią Transformers, która wprowadziła śmierć postaci (w filmie z 1986 r. zginęło wielu bohaterów, ale nikt nie zginął naprawdę w serialu). Scorponok, Terrorsaur, Dinobot i Tarantulas zginęli w różnych odstępach czasu. W wielu odcinkach zniszczeniu ulegał Waspinator, lecz nigdy nie zginął – w „Beast Machines” okazało się, że przyjął nowe ciało i imię Thrust.