Zdobył także dobre recenzje za kreację dziennikarza Stephena Glassa, który publikował artykuły, które okazały się być plagiatami w filmie Pierwsza strona (Shattered Glass, 2003).
12 maja 2000 Hayden zapowiedział, że będzie grał rolę Anakina Skywalkera w dwóch prequelach: Gwiezdnych wojen – Ataku klonów (Star Wars Episode II: Attack of the Clones, 2002) i Zemście Sithów (Star Wars Episode III: Revenge of the Sith, 2005). Hayden został wybrany przez reżysera George’a Lucasa, bo ten uważał, że Hayden ma talent i będzie dobrym partnerem dla Natalie Portman. Lucas zaskoczył wtedy świat filmu przez dokonanie wyboru nieznanego wówczas aktora, pomijając tak wielkie nazwiska jak Leonardo DiCaprio czy Jonathan Jackson, a także 400 innych kandydatów. Jednak za rolę Skywalkera otrzymał dwukrotnie Złotą Malinę jako najgorszy aktor drugoplanowy.
W 2002 trafił na listę pięćdziesięciu najpiękniejszych ludzi magazynu „People”.
W 2002 występował na scenie w This Is Our Youth Kennetha Lonergana w Londynie, na West Endzie u boku Anny Paquin i Jake’a Gyllenhaala. W 2005 r. Christensen zadebiutował na Broadwayu w 10-minutowej sztuce.