Kontrowersje W 2014 do ministra administracji i cyfryzacji skierowany został list członków Zespołu Nauk Pomocniczych Historii i Edytorstwa przy Komitecie Nauk Historycznych PAN w sprawie nieprawidłowości w działalności Komisji Heraldycznej. Podniesione w piśmie zarzuty dotyczyły braku przejrzystości oraz obiektywizmu praktyk i procedur. Wskazano na zaistnienie konfliktu interesów w sytuacji projektowania symboli przez członków, pełniących jednocześnie funkcję ich opiniowania. W szczególności dotyczyło to osoby przewodniczącego Komisji Heraldycznej oraz jednego z członków. Wnioskowano o rekonstrukcję Komisji dla odzyskania przez nią opinii instytucji obiektywnej i wiarygodnej. Pismo podpisało 15 naukowców skupionych przy ZNPHiE.
W odpowiedzi udzielonej przez Ministerstwo w marcu 2015 stwierdzono, „że przepisy prawa dotyczące Komisji Heraldycznej nie zawierają zakazu projektowania przez członków Komisji symboli jednostek samorządowych”, ich zaangażowanie w projektowanie wynika stąd, że „środowisko osób zajmujących się naukowo heraldyką i weksylologią jest w Polsce niezmiernie wąskie”, a gwarancją obiektywności ocen Komisji ma być „nakaz wyłączenia się autorów projektów symboli samorządowych […] z omawiania projektu, jak i głosowania nad uchwałą w jego sprawie”.