W finale, w którym Arsenal zmierzył się z byłym klubem Hiszpana, FC Barcelona, angielski zespół przegrał 1:2 i zakończył sezon bez żadnego zdobytego trofeum.

W lecie pojawiały się spekulacje dotyczące transferu zawodnika, a najbardziej zainteresowany pozyskaniem Fàbregasa był Real Madryt, który próbował nakłonić gracza do zerwania długoterminowej umowy z Arsenalem. Szkoleniowiec Arsenalu, Arsène Wenger ogłosił, że klub nie przyjmie żadnej oferty. We wrześniu 2006 roku, trzy lata po przejściu do Arsenalu, klub zaoferował pomocnikowi nową, pięcioletnią umowę (z opcją przedłużenia o kolejne trzy lata), którą Hiszpan podpisał 19 października 2006. Fàbregas stwierdził, że głównym motywem, dla którego związał się z zespołem na tak długi okres, było zadowolenie ze stylu gry prezentowanego przez drużynę oraz osoba Arsène’a Wengera.